服务与解决方案

送样要求

SeekOneDD

单细胞3'转录组测序解决方案

服务流程

组织样本解离

单细胞分离标记

文库构建

数据分析

高通量测序

组织

≥200 mg

(黄豆粒大小)

新鲜组织样本

穿刺样本

≥3条

新鲜穿刺样本

湿冰

4~6 mL

无严重溶血

新鲜血液

冻存PBMC

细胞量不低于

100万个

冻存前需完成红细胞裂解

保证细胞活率>90%

冻存时使用冻存盒梯度降温冻存

-80℃,

干冰运输

2-8℃

2-8℃

置于组织保存液

单细胞悬液

生信分析

测序数据过滤

与质量评估

单细胞数据质控分析

 

UMI统计

基因组比对

基因检测数统计

有效细胞数统计

基因表达定量

定制化分析

定制化部分结果展示

样本数量

应用案例

案例一:肺肿瘤微环境中基质细胞的表型塑造

SeekOneDD (Digital Droplet) 单细胞3’转录组测序采用寻因生物自主研发的高通量单细胞转录组建库试剂盒进行文库构建。该试剂盒需配合本公司自主研发的SeekOneDigital Droplet System(SeekOne数字液滴仪,简称SeekOneDD)完成单细胞分离、标记及核酸标记、捕获, 最终构建出兼容Illumina测序仪和华大测序仪的高通量单细胞转录组文库进行测序,随后进行一系列生信分析。

样本类型

样本量

接收标准

运输条件

备注

浓度:

400-1000 cells/μL

体积:>100 μL

细胞活性:>90%

结团率:<5%

有核率:>70%

细胞直径范围: 5~30 μm

4℃

建议液体体积充满1.5ml保存管,避免运输途中震荡起泡

体液

体液内活细胞

数量≥10万个

新鲜体液

湿冰

此处体液类样品包括但不限于:尿液、胸水、腹水、灌洗液、脑积液等

细胞图谱构建

 

数据降维PCA分析

细胞聚类UMAP/tSNE分析 

Cell type注释

差异表达分析

 

marker基因Violin图分析

marker基因t-SNE图分析

marker基因heatmap图分析

组织/样本cell type差异分析

功能注释与分析

 

GO/KEGG功能富集分析

Reactome功能富集分析

蛋白互作网络分析

marker基因TF注释

细胞分群

进化

细胞通讯

突变

功能

联合分析

细胞再聚类

细胞亚群手动注释

拟时序分析

Monocla/Scanpy

/Pseudotime选一

RNA速率分析

配体受体分析

inferCNV分析

SNP分析

GSEA/GSVA富集分析

WGCNA分析

选择数据差异富集分析

scDOSE基因和

疾病富集注释(人)

SCENIC分析

TCGA联合分析

Bulk RNA联合分析

细胞通讯分析

拟时序分析

GSVA基因富集变异分析

案例二:单细胞水平描绘系统性红斑狼疮的异质性

案例三:绘制人类垂体发育的转录景观图谱 

了解详情 >
了解详情 >
了解详情 >

产品优势

兼容

灵活

兼容细胞直径5~40 μm的不同类型的真核细胞

兼容标准通量(500~12,000)和超高通量(500~24,000)芯片


兼容多种产品管线

单次操作可同时运行1~8个样本,单样本可捕获500~12,000个细胞


单样本单通道,杜绝芯片浪费

准确

 高效

机时短,3 分钟快速生成15万个油包水液滴,细胞高保真,数据更准确

 

双细胞率低约0.7%(捕获1,000个细胞)


双算法判定细胞,数据分析更准确

单细胞捕获效率高达65%

 


自动温控系统,消除环境温差影响,油包水液滴生成更稳定